本研究室之前身，最初為文哲所籌備處時期成立於1997年之「明清詞曲研究室」，成立宗旨一在蒐集、整理明清詞學及戲曲方面之相關資料，並製作資料庫，以作為深入研究之輔助；一在服務學界，將整理成果提供同道參考，並促成相關領域之共同研究。2002年文哲所正式成所，有鑒於明、清二代文學，上接宋元傳統，與近現代發展關係亦極為密切，而文哲所從事古典文學研究之同仁，以研究明清文學者人數最多，已隱然成為本所文學研究之特色；故將研究室改組，成立「明清文學研究室」，希望藉此對明清文學展開紮根性、系統性及理論性的個別與集體研究，並進而與國際的明清研究接軌。
近現代文學研究室於九十年十二月成立。本研究室旨在結合國內外相關學者，以比較文學和比較文化的方法研究近現代以來的中國文學和台灣文學，任務有三：一、推動近現代文學研究群與本院及院外同行之合作交流。二、推動跨學科研究及比較文學研究。三、蒐集整理與近現代文學相關之文獻資料，提供國內外研究者參考使用。
經學研究室於民國八十六年（1997）成立，現有經學研究人員五名，約聘研究助理一人，計畫助理若干人。成立的目的有二：一是協助研究經學的同仁推動各種研究計畫和相關業務；一是收集典藏經學相關文獻，提供國內外學者參考之用。現階段以收集清代和民國時期經學文獻為主。本研究室收藏之經學文獻，包括經學常用工具書、經學學位論文，執行研究計畫所需的文獻資料等，計有數百冊。另收集國內外學者研究歷代經學之論文近千篇。
本研究室奠基於中國哲學方向同仁以往的研究成果，為進一步整合既有研究人員之研究能量，並提供國、內外中國哲學研究學者交流的平台，共同開發中國哲學研究的新議題，擬於民國一百年成立「中國哲學研究室」。本研究室將以經典為憑藉，深化與拓展中國哲學研究的新議題。本研究室除紮根於經典詮釋所深化的意義世界外，在時間與空間上都有所擴展。在時間上，本研究室將關注中國哲學的現代詮釋，尤其在現代議題上，擬與西方思潮對話，例如政治哲學、環保思潮、科技哲學等，試圖彰顯中國哲學的當代性。在空間方面，本研究室強調中國哲學藉由經典在域外（特別是東亞漢字文化圈）的傳播、詮釋與接受，希望彰顯中國哲學在不同區域所顯現的在地化哲學特色，以及跨文化哲學對話的可能性。
本研究室的前身係「當代儒學研究室」，成立於1993年，其宗旨在於推動當代儒學研究計畫，蒐集有關當代儒學研究之相關資料，迄今已經累積相當的成果，並達成了階段性的目標。2012年起本研究室擴大研究範圍，改名為「比較哲學研究室」，致力於從東亞與世界的角度推動哲學的對話與思想的創造，在既有研究成果的基礎上繼續發展，並為國內外學者提供資訊服務。人員配屬有研究人員六名及約聘研究助理一名，負責相關研討會之籌畫與執行、《當代儒學研究叢刊》之編輯，以及相關研究資料之蒐集。本研究室蒐藏之資料包括牟宗三、徐復觀、黃振華之手稿、筆記及相關剪報資料、《再生》雜誌影本(自創刊號至第三卷)、《孔教報》影本、有關當代儒學研究之大陸期刊論文及其他研究資料等。