本研究室的前身係「當代儒學研究室」，成立於1993年，其宗旨在於推動當代儒學研究計畫，蒐集有關當代儒學研究之相關資料，迄今已經累積相當的成果，並達成了階段性的目標。2012年起本研究室擴大研究範圍，改名為「比較哲學研究室」，致力於從東亞與世界的角度推動哲學的對話與思想的創造，在既有研究成果的基礎上繼續發展，並為國內外學者提供資訊服務。人員配屬有研究人員六名及約聘研究助理一名，負責相關研討會之籌畫與執行、《當代儒學研究叢刊》之編輯，以及相關研究資料之蒐集。本研究室蒐藏之資料包括牟宗三、徐復觀、黃振華之手稿、筆記及相關剪報資料、《再生》雜誌影本(自創刊號至第三卷)、《孔教報》影本、有關當代儒學研究之大陸期刊論文及其他研究資料等。