本研究室之前身，最初為文哲所籌備處時期成立於1997年之「明清詞曲研究室」，成立宗旨一在蒐集、整理明清詞學及戲曲方面之相關資料，並製作資料庫，以作為深入研究之輔助；一在服務學界，將整理成果提供同道參考，並促成相關領域之共同研究。2002年文哲所正式成所，有鑒於明、清二代文學，上接宋元傳統，與近現代發展關係亦極為密切，而文哲所從事古典文學研究之同仁，以研究明清文學者人數最多，已隱然成為本所文學研究之特色；故將研究室改組，成立「明清文學研究室」，希望藉此對明清文學展開紮根性、系統性及理論性的個別與集體研究，並進而與國際的明清研究接軌。