為舊傳統注入新聲，為新文化深化內涵
本所成立宗旨在於擷取古往今來中國文化的精髓，以作為當前文化創造的活水源頭。面對當前由歐美文化主導的現代社會，如何闡揚中華文化精深的人文精神，為現代科技社會注入人文關懷，並為當前的世界文明提供寬廣視野。因此，本所將加深中國文哲傳統精蘊的闡發，開發新的學術話語與多元溝通表述，為傳統注入新生命，為新文化充實內涵與深度。
開展多元研究觀點，進行科際整合對話
本所同仁具有多元的學科背景，各自曾經接受東西不同傳統相關的學術訓練，對於世界相關研究成果具有開闊的視野與精密的操作能力。在堅實的文獻解讀之上，開展多元的研究觀點，與國際學術潮流對話，並對海內的理論原型提供修正的基準。在參照新理論、融匯新方法、開發新課題與文獻編校整理方面，本所始終是國、內外漢學研究重要的參考座標。例如「明清戲曲」、「世變文學」、「性別研究」、「詩畫文學」、「空間書寫」、「明清文學經典」、「文學與美學」、「文學與宗教」、「文本翻譯與文化脈絡」、「臺灣文學與世界文學之關係」、「當代儒學」、「宋明理學」、「儒釋道三教關係」、「乾嘉學派經學」、「清乾嘉揚州學派經學」、「晚清經學」等皆是國際漢學注目的焦點。本所一方面致力開拓新的學術議題，一方面也不斷充實研究方法的內涵，從事多方面科際整合，對研究方法與範疇持續進行創新的嘗試與深刻的反思。
匯通海內外研究成果，打造國際交流平台
本所與國際漢學界溝通對話，與國內相關學者及學術機構建立合作關係，並善用院方提供的資源人力，發掘優秀人才，提供彼此學習的平台，一方面引入新觀點、新方法；一方面也希望將台灣學界卓越的研究成果介紹給全世界。除了有系統、有計畫譯介海外的研究成果推廣，並召開各種國際會議，提供國內外優秀學者溝通對話的場域。近年來，海外重要研究機構紛紛與本所簽訂合作協定，例如東京大學人文學部、京都大學人文科學研究所，還有其他單位尚在洽談之中，本所圖書館以文、哲、經為重點之特色館藏對於海內外學者亦具有極大的吸引力。匯通海內外學界的優點，培育優秀人才，從而創生新的學術形態與論述方式，成為能量動力十足的學術交流平台，已然成為本所在海內外學界極為鮮明的特色。
古典文學研究室
古典文學研究為本室同仁主要學術關懷，在精讀文本的基礎上開發新課題與新方法。古典文學領域的主要研究特色，大約可概括為（一）明清文學與文化（二）文學與宗教的跨領域研究（三）世界脈絡下的中國古典文學等數端。茲分述如下：（一）明清文學與文化研究方面，曾經以「經典轉化」、「行旅」、「知識體系」為研究主題，從明清文學文化的角度出發，在文獻實證的基礎之上開展新穎的問題意識，提供嶄新的話語與思維，既與國際學界的新觀點互動，也能就傳統學術沉潛深造，為傳統與現代之間尋求轉接創發之道。 （二）本所相關同仁曾經結合文學研究與宗教研究，就「聖傳與詩禪」、「懺悔書寫」等特別的研究課題加以探究，不論對文學或宗教都提供了新穎的觀察視角。相關同仁在文學與宗教研究的領域都具有國際性的重要聲望，此一研究課題備受學界關注而且影響深遠。 （三）世界脈絡下的中國古典文學研究部分，本所古典文學的特色之一在於與國際學界密切相連的對話，並且在研究過程中不侷限於中國文化中心主義，特別側重將中國文學文本安置在世界脈絡中，重新省思其文化意涵。
近現代文學
本研究室以「近現代文學研究室」為中心從事學術活動。以比較文學和比較文化的方法研究近現代的中國文學和臺灣文學，嘗試跨學科、跨文化的研究視角，蒐集整理近現代文學相關之文獻資料，並與當前的理論方法對話。主要研究取向有（一）翻譯與跨文化研究（二）華語電影研究（三）當代詩研究，茲分述如下： （一）目前跨文化研究正在發展階段，歐美各地的理論仍缺乏深度，正是跨文化經驗豐富的臺灣學界及漢學界能發揮的時機。面對跨文化研究的進路，中國文哲研究將有何轉機？跨文化研究的進路對研究者呈現何種挑戰？此類議題是近現代文學研究室主要的關懷所在。 （二）華語電影目前是學界關注的焦點，透過影像，自我或家鄉成為記憶的場所，成為當權的工具，也可以是抵抗官方歷史威權的資料。電影影像是記憶機器的具體表徵，電影美學在想像過去及當下的過程中不斷被政治化。誰應控制電影影像的製作及生產？ （三）當代詩涉及了現代性符號秩序下抒情主體身份的認同問題。主體的認同作為一個問題，與處理創傷內核的形態有密切的關聯。從精神分析的視角來看，回到創傷的源頭也是穿越幻想的過程，通過對徵兆一定程度的認同來解除創傷的陰影。
比較哲學研究室
本所哲學專長的同仁過去通過「當代儒學研究室」進行合作。早先的計畫主要集中在中國範圍的儒學，後來則擴及東亞視野，立論上則常發揮「跨文化」（比較哲學）的對比論述。研究計畫目前則以（一）「近代東亞與西方思想交流中的跨文化現象（二）「近代啓蒙脈絡中的思想論爭」為主要開展方向。茲就二者略述如下。 （一）近代東亞的思想發展，除了延續內在的發展脈絡之外，西潮的衝擊也為之帶來無可避免的變化。不少新衍出的思想、概念，係源自歐洲十八世紀的政治社會或文化理論。由東亞的立場考察「西學東傳」過程中，彼此的文化回應與跨文化對話，分析東西方接觸後，漢語詞和西方之「概念對譯」關係如何產生、何時由「譯語」演變為「新詞」及承載新概念？ （二）研究同仁未來將側重「概念轉換」及「西方學說東傳」兩個面向，並提出幾項重點：1.探究「爭議」在近代的特徵。2.檢討西方思想內部的相關論辯，並且從新的視角重新思考近代東方（特別是中國與日本）思想上的爭議。3.取現代性研究中「啟蒙」的典範為背景，以近代西方的啟蒙運動 (the Enlightenment) 及其影響作為近代的起點，探索近代東西思想中對於個人和理性的重視與相關爭議。
中國哲學研究室
本研究室成員原屬於「當代儒學研究室」，後於民國100年成立「中國哲學研究室」，是本所最晚成立的研究室。本研究室以「文本解讀」與「哲學思考」為特色，且在研究範圍與研究方法上，儘量尋求突破與創新。不僅深化中國哲學的經典詮釋，也關注中國哲學的現代詮釋，並強調中國哲學在不同區域所顯現的在地化哲學特色，以及跨文化哲學對話的可能性。同時，本研究室也關注歐美不同哲學進路與方法的嘗試，希望中國哲學研究能與世界其他哲學傳統對話，以「在世界中的中國」（“China in the world”）為願景。 本研究室除耕耘研究群、舉辦工作坊，以及哲學文獻資料整理外，主要以執行所內重點計畫為主。先是「東亞哲學的生死觀與終極真理」（2013.1 - 2014.12），目前正在執行的則是「當代中國哲學經點之詮釋與論爭」（2015.1 - 2017.12）。前者以東亞哲學為範圍，聚焦於生死觀與終極真理之議題探究，顯示東方哲學的特色。後者以中國哲學的儒釋道三教為主軸，進行方法論、詮釋架構、各項詮釋論爭的探究，也與比較哲學研究室所執行「近代東西思想中的爭議」所內重點計畫，進行思想的激盪與議題的開發。 未來本研究室將以兩大方向為重點：「宋明理學與東亞儒學的經典詮釋」與「道家、佛學思想研究及當代詮釋」。前者以儒學經典為核心，以東亞文化交流為範圍，相互拓展、豐富宋明理學與東亞儒學的研究。後者則在兼顧道家思想與佛學的經典詮釋與當代詮釋時，進一步展開批判的思想力道，這也是活化與開展中國哲學研究的持續性工作。
經學文獻研究室
經學文獻研究室除紮根於「文獻解讀」與立基於「經學史視野」的經學研究之外，在研究範圍與研究型態上，也力求多元。本研究室成員的專長與學術訓練各有不同，關注的議題亦是多元呈現，既有傳統的研究類型，也能展開不同領域的對話。例如經學與文學的交涉、經學的接受與傳播、經典與古文字學的融合、乾嘉漢學與日本漢學的互動等。因此，經學文獻未來將以（一）經學的傳承與開展（二）經學類型學的建立二者為基調，開展研究視野。（一）與文學、史學、哲學等學科不同的是，這些學科的建立，都有其西方的學術背景與學術語言為依托。但是經學作為傳統中國經典之學，不論在研究方法上或者學科本身與現代學術的契合度上，都面臨極大的挑戰。經學研究應以紮實的研究，為經學厚植更深廣的根基，拓展更多元的領域，建立跨學科的對話。（二）本研究室在長程計畫的規劃上，仍有其系統性思考，除了厚植於傳統之外，也要不斷吸納新的元素，開拓新的議題，運用新的方法，建立新的類型。此處所謂的類型，既有研究方法的運用，也有新材料的解讀與新議題的提出，但又無法以單一地方法、材料、乃至議題來涵蓋整體內容，故以「類型」這種思想型態的概念，表達彼此之間相對獨立、而又密切連屬的經學現象。